Historia eclesiástica indiana

Esta magna obra cuya factura duró casi tres décadas, documenta la época de la primera evangelización mexicana, así como la mentalidad, los valores y los conflictos de la sociedad novohispana de la segunda mitad del siglo XVI. La casa real impidió su publicación debido a la críticas de Mendieta a la colonización del nuevo mundo y el texto no se publicó hasta 1870.