Bøger i Shinobi serien i rækkefølge

Emil og Silas har sommerferie, men i stedet for at ligge på stranden med vennerne, overtaler deres mor dem til at tage på Nationalmuseet og se en udstilling om Japan. Drengene tager modvilligt med, men dagens kedelige udsigter ændrer sig pludselig, da Silas finder en gammel japansk mønt på gulvet, som han tager med hjem. Mønten er et japansk ´mon´, der indeholder glemte kræfter, som resulterer i at Emil og Silas bliver sendt ud på en farlig mission, hvor det er svært at finde ud af, hvem der er venner, og hvem der er fjender.

Jagten på manden fra Traneklanen fører Emil og Silas til et hotel i det indre København. Drengene håber, at de kan opsøge den japanske mand, give ham mon’et og på den måde komme ud af deres knibe så hurtigt som muligt. Men helt så let skal det ikke gå. Samtidig med at drengene finder japaneren, dukker nogle andre, der er på jagt efter ham, op. Japaneren bliver taget til fange, og drengene må sætte livet på spil for at redde ham, så de kan få overleveret mon’et til den retsmæssige ejer.

Hændelserne har taget en uheldig drejning for Emil og Silas. Intet er gået, som de havde håbet, og deres opgave er nu blevet endnu større. Shinobi har bedt dem om selv at finde det gamle mons bagside, og opgaven fører dem til Japan, hvor de endnu en gang står ansigt til ansigt med Traneklanens fjender fra Abeklanen. Drengene finder hurtigt ud af, hvor bagsiden befinder sig, men det er en sværere opgave at få fat i den, end de kunne ønske. Især fordi folkene fra Abeklanen modarbejder dem på alle mulige og umulige måder.

Emil og Silas er efter mange strabadser nået frem til skjulestedet, hvor mon´ets bagside befinder sig. At finde det bliver ikke helt så let, som de havde forestillet sig, og endnu mere umuligt bliver det, når det viser sig, hvordan de skal give mon´ets kræfter tilbage til Shinobi.Endnu engang tager drengenes opgave en drejning, som de ikke havde forudset, og som de gerne ville være foruden. Men hvis de vil gøre sig forhåbninger om at komme tilbage til Danmark, bliver de nødt til at fuldføre.Koste hvad det vil.

Emil og Silas sidder i flyet på vej mod Danmark. På vej hjem. Men noget nager Emil. Han kan ikke lade være med at tænke på det, som den gamle dame sagde til drengene i lufthavnen, og han bliver mere og mere sikker på at noget er rivende galt. Meget imod Silas' vilje hopper drengene af flyet, inden det letter, og opsøger damen igen. Hun taler i tåger, men overbeviser alligevel drengene om at de skal drage tilbage til ninjaerne, fordi der er noget, der ikke er afsluttet. Drengene får sig en ubehagelig overraskelse, da de genser Shinobi, og pludselig bliver hele situationen vendt på hovedet. Venner bliver til fjender, og drengene må kæmpe imod det, de hidtil har kæmpet for.

Drengene er endelig blevet sat ind i sagens rette sammenhæng, og de bliver nødt til at rette op på den forfærdelige fejl, de lavede, da de overdrog mon'et til Shinobi i første omgang. Desværre har Shinobi haft tid til at opbygge en enorm hær af ninjagenfærd, og han bruger dragen under templet til at passe på mon'et. Abeklanens krigere kæmper mod genfærdene, mens Silas og Emil må drage tilbage til traneklanens tempel for at skabe orden i kaoset. Det bliver en farefuld rejse, og Emil og Silas har ikke mange chancer for at redde verden fra den ondskab, som de, uden at vide det, har været med til at skabe.